谢鹭-硕士研究生指导教师

发布者：董尹发布时间：2023-04-19浏览次数：450


姓名

谢鹭


职称

研究员

导师

资格

硕士研究生导师

学科

专业

生物医学工程

联系

方式

电话：13301670946

E-mail：xielu@sibpt.com

一、个人简介

谢鹭，博士，研究员，上海市生物医药技术研究院基因组与生物信息研究所副所长，复旦大学博士生导师。兼任中南大学湘雅医院生物信息中心主任。上海市生物信息学会理事。研究方向包括多组学数据分析及整合、肿瘤疫苗筛选设计及免疫治疗、临床预后预警建模及人工智能辅助决策系统。同时致力于医学应用型生物信息学平台研发。曾承担国家精准医学重点研究计划，科技部973重点基础研究、863探索先导、传染病重大专项、中国人类蛋白质组学国际合作、国家自然科学基金等多项国家级课题，以及浦江人才、精准医学协同创新集群等上海市重点项目。国内外已发表学术论文160余篇，团队获得软件著作权近30项。曾获上海市自然科学一等奖，湖南省科技进步二等奖，湖南省医药卫生一等奖，上海市巾帼创新奖（个人）等。上海市先进工作者，上海领军人才，享受政府特殊津贴专家。

二、主要学习与工作经历

学习经历：

1996.8-2000.7 中南大学，湘雅医学院，卫生部癌变原理重点实验室，医学博士

1991.8-1994.7 湖南医科大学(现中南大学湘雅医学院)，肿瘤研究所，医学硕士

1985.8-1991.7 湖南医科大学(现中南大学湘雅医学院)，临床医疗系英语医学专业（六年制全英文授课班），医学学士

工作经历：

2021.3 - 目前  上海市生物医药技术研究院，基因组与生物信息研究所党支部书记/副所长，生物信息学研究组负责人，兼任中南大学湘雅医院生物信息中心主任、复旦大学公共卫生学院博士生导师、上海海洋大学硕/博士研究生导师；

2005.8 – 2021.3  上海生物信息技术研究中心，副主任/副书记，应用医学研究组课题组长，三级研究员；

2000.8 - 2005.7  美国范德堡大学（Vanderbilt University），医学部，博士后；

1994.7 - 1996.7  湖南医科大学(现中南大学湘雅医学院)，肿瘤研究所免疫生物室，研究实习员；

三、主要科研工作与成绩

科研项目：

  1. 2019.01-2022.12，国家自然科学基金面上项目，促进肿瘤新抗原预测和验证的蛋白质基因组学研究，项目编号31870829，主持

  2. 2019.01-2023.12，上海市卫生计生委协同创新集群，消化系统恶性肿瘤诊疗新技术研发及精准干预应用研究，项目编号2019CXJQ02，主持

  3. 2020.01-2024.12，上海市领军人才，医学-生物信息学大数据科研协作云平台，主持

  4. 2016.07-2018.12，国家重点研发计划项目子课题，基于多组学图谱的免疫性肾小球疾病的分子分型研究-基于临床表型的多组学图谱的构建，项目编号2016YFC0904101，主持

近3年发表责任作者研究论文（部分）：

  1. Jian X, Zhang Y, Zhao J, Zhao Z, Lu M, Xie L. CoV2-TCR: A web server for screening TCR CDR3 from TCR immune repertoire of COVID-19 patients and their recognized SARS-CoV-2 epitopes. Comput Struct Biotechnol J. 2023;21:1362-1371. doi: 10.1016/j.csbj.2023.01.038. Epub 2023 Jan 27. PMID: 36741787; PMCID: PMC9882952. （期刊论文）

  2. Tan X, Xu L, Jian X, Ouyang J, Hu B, Yang X, Wang T, Xie L. PGNneo: A Proteogenomics-Based Neoantigen Prediction Pipeline in Noncoding Regions. Cells. 2023 Mar 1;12(5):782. doi: 10.3390/cells12050782. PMID: 36899918; PMCID: PMC10000440.

  3. Jian X, Xu L, Zhao J, Wang Y, Zhou W, Xie L. NAIRscore as a biomarker for the quality of immune response to neoantigens is related with an increased overall survival in multiple myeloma. Mol Ther Nucleic Acids. 2022 Jul 12;29:285-295. doi: 10.1016/j.omtn.2022.07.006. PMID: 35950215; PMCID: PMC9352810.

  4. Peng C, Jian X, Xie Y, Li L, Ouyang J, Tang L, Zhang X, Su J, Zhao S, Liu H, Yin M, Wu D, Wan M, Xie L, Chen X. Genomic alterations of dermatofibrosarcoma protuberans revealed by whole-genome sequencing. Br J Dermatol. 2022 Jun;186(6):997-1009. doi: 10.1111/bjd.20976IF: 11.113 Q1 . Epub 2022 Apr 19. PMID: 35441365; PMCID: PMC9325047.

  5. Ouyang J, Qin G, Liu Z, Jian X, Shi T, Xie L. ToPP: Tumor online prognostic analysis platform for prognostic feature selection and clinical patient subgroup selection. iScience. 2022 Apr 4;25(5):104190. doi: 10.1016/j.isci.2022.104190. PMID: 35479398; PMCID: PMC9035726.

  6. Liu Z, Zhang S, Li H, Guo J, Wu D, Zhou W, Xie L. Cellular Interaction Analysis Characterizing Immunosuppressive Microenvironment Functions in MM Tumorigenesis From Precursor Stages. Front Genet. 2022 Mar 23;13:844604. doi: 10.3389/fgene.2022.844604. PMID: 35401705; PMCID: PMC8984155.

  7. Lu M, Xu L, Jian X, Tan X, Zhao J, Liu Z, Zhang Y, Liu C, Chen L, Lin Y, Xie L. dbPepNeo2.0: A Database for Human Tumor Neoantigen Peptides From Mass Spectrometry and TCR Recognition. Front Immunol. 2022 Apr 13;13:855976. doi: 10.3389/fimmu.2022.855976. PMID: 35493528; PMCID: PMC9043652.

  8. Liu C, Zhang Y, Jian X, Tan X, Lu M, Ouyang J, Liu Z, Li Y, Xu L, Chen L, Lin Y, Xie L. ProGeo-Neo v2.0: A One-Stop Software for Neoantigen Prediction and Filtering Based on the Proteogenomics Strategy. Genes (Basel). 2022 Apr 28;13(5):783. doi: 10.3390/genes13050783. PMID: 35627168; PMCID: PMC9141370.

  9. You W, Cai Z, Sheng N, Yan L, Wan H, Wang Y, Ouyang J, Xie L, Wu X, Wang Z. Construction and Validation of Convenient Clinicopathologic Signatures for Predicting the Prognosis of Stage I-III Gastric Cancer. Front Oncol. 2022 Mar 24;12:848783. doi: 10.3389/fonc.2022.848783. PMID: 35402221; PMCID: PMC8987912.

  10. Xu L, Jian X, Liu Z, Zhao J, Zhang S, Lin Y, Xie L. Construction and Validation of an Immune Cell Signature Score to Evaluate Prognosis and Therapeutic Efficacy in Hepatocellular Carcinoma. Front Genet. 2021 Sep 27;12:741226. doi: 10.3389/fgene.2021.741226. PMID: 34646307; PMCID: PMC8503558.

  11. Ren J, Xu L, Zhou S, Ouyang J, You W, Sheng N, Yan L, Peng D, Xie L, Wang Z. Clinicopathological Features Combined With Immune Infiltration Could Well Distinguish Outcomes in Stage II and Stage III Colorectal Cancer: A Retrospective Study. Front Oncol. 2021 Dec 3;11:776997. doi: 10.3389/fonc.2021.776997. PMID: 34926285; PMCID: PMC8678133.

  12. Zhang S, Liu Z, Wu D, Chen L, Xie L. Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Microenvironmental Infiltration of Plasma Cells and Hepatocytic Prognostic Markers in HCC With Cirrhosis. Front Oncol. 2020 Nov 2;10:596318. doi: 10.3389/fonc.2020.596318. PMID: 33224891; PMCID: PMC7667372.

四、主要社会学术团体兼职

  1. 2021.10，当选中国细胞生物学会功能基因组信息学与系统生物学专业分会（中国生物信息学会筹）委员

  2. 2021.10，连任中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业分会委员（第五届）

  3. 2018.11，中国医学生物技术协会基因检测分会，委员

  4. 2013.10，上海市生物信息学会理事、会员

五、主要研究方向

人工智能算法应用于生物组学数据、生物信息学分析流程软件开发、数据库构建、网页构建、临床预后预警决策系统等。