作为学院联系广大青年学生的核心桥梁与纽带，上海理工大学健康科学与工程学院团委在学院党委的坚强领导下，构建起架构清晰、分工明确、运行高效的组织体系，持续在思想引领、队伍建设、成才服务、品牌建设等领域探索创新、突破发展。目前，学院团委共有1名团委书记，2名学生团委副书记，统筹管理团委整体工作；下设5个部门（运营部、组织部、易班工作中心、职业发展协会、心理协会），分工覆盖组织建设、思想教育、职业规划、心理关怀等方面，是学院共青团工作的核心执行机构。学院学生会共有主席团成员3人，下设6个工作部门（学习科创部、体育部、文艺部、宣传部、人力资源部、志愿者服务部），聚焦学业支持、文体活动、宣传推广、人员管理、志愿服务等工作领域，是学院各类学生活动开展的主要开展机构。