【授权专利】

[1] 小分子药物特定晶形的分子调控方法, ZL 2020 1 1411510.X，2024年04月12日

[2] 蛋白药物活性的分子保护及其处方设计方法, ZL 2020 1 1415745.6，2024年04月09日

【软件著作权】

[1] 小分子药物精准筛选软件，登记号：2024SR0212415

2008/07 - 2010/08, 美国南卡罗莱纳大学，博士后

2021/09 - 至今, 鹏城国家实验室, 人工智能研究中心, 研究员

2004/06 - 至今, 上海理工大学, 健康科学与工程学院, 副教授

2001/09 - 2004/06, 浙江大学, 物理化学, 博士

1998/09 - 2001/08, 贵州大学, 无机化学, 硕士

1994/09 - 1998/08, 曲阜师范大学, 化学教育, 学士

[1] 功能蛋白(酶)人工智能设计、优化与活性保护

[2] 人工智能药物筛选与全新设计

[3] 晶型药物的晶型晶貌调控与可控结晶

[4] 单细胞(致病微生物、干细胞等)人工智能识别与快速检测

【主持】

[1] 上海市“科技创新行动计划”国际科技合作项目:热敏性药物的冻干机理和活性保护研究(12430702000)，2012-10至2014-09.

[2] 上海市自然科学基金项目:干燥过程中LEA蛋白特征重复片段对胰岛素的活性保护研究(12ZR1420400)，2012-07至2015-06.

[3] 上海市教育委员创新项目:干燥过程中天然小分子保护剂对胰岛素蛋白药物的活性保护研究(14YZ092)，2014-01至2016-12.

[4] 上海市科委“科技创新行动计划”社发项目: 轨道交通隧道孪生数据挖掘及诊断关键技术研究（21DZ1203504）, 2021/08 – 2024/07.

[5] 微生物代谢国家重点实验室开放基金: 抗新冠多肽药物的全新设计和智能筛选(MMLKF21-11), 2021/06– 2023/05.

【参与】

[1] 鹏城国家实验室：鹏程·神农生物信息研究平台-生物医学AI大模型，2019/09-2022/09

[2] 鹏城国家实验室：鹏城·扁鹊医药平台-生物医药大模型, 2022/09-2025/09

[3] 上海市科技兴农技术创新项目:即食果蔬中致病菌风险监测及建模评估研究(X2021-02-08-00-12-F00782), 2021/07 - 2023/08.

[4] 国家自然科学基金委员会, 面上项目, 31870045, 甲酸诱导毕赤酵母表达外源蛋白与代谢调控机制研究, 2019-01-01 至 2022-12-31.

[5] 上海市“科技创新行动计划”农业项目, 19391902000, 生鲜肉制品食源性致病菌的“可视化”智能互联快速检测产品研发, 2019-10 至 2022-09.

[6] 国家自然科学基金委员会，青年基金，31101348、燕麦源ACE C-结构域选择性抑制肽的高效筛选及体外活性机理研究，2012-01至2014-12.

【授权专利】

[1] 小分子药物特定晶形的分子调控方法, ZL 2020 1 1411510.X，2024年04月12日

[2] 蛋白药物活性的分子保护及其处方设计方法, ZL 2020 1 1415745.6，2024年04月09日

【软件著作权】

[1] 小分子药物精准筛选软件，登记号：2024SR0212415

【学术专著】

[1] 结构生物信息学[M]. 上海交通大学出版社, 2025. 

【代表性论文】

1) Human Intestinal Defensin 5 Inhibits SARS-CoV-2 Invasion by Cloaking ACE2 , Gastroenterology, 2020, 159(3): 1145-1147. (中科院1区top期刊，IF=19.7， Cited by: 110)

2) Human Cathelicidin Inhibits SARS-CoV-2 Infection: Killing Two Birds with One Stone. ACS infectious diseases. 2021,7(6): 1545-1554. doi:10.1021/acsinfecdis.1c00096 (中科院1区，if=5.578，ESI高被引论文，Cited by: 35)

3) HD5 and LL-37 Inhibit SARS-CoV and SARS-CoV-2 Binding to Human ACE2 by Molecular Simulation. Interdisciplinary Sciences--Computational Life Sciences. 2021 Aug 7:1–12. doi: 10.1007/s12539-021-00462-3. (中科院2区，IF= 3.492, Cited by: 5)

4) Discovery of a Natural Product with Potent Efficacy Against SARS-CoV-2 by Drug Screening. Interdisciplinary Sciences--Computational Life Sciences. 2021 Sep 12:1–9. doi: 10.1007/s12539-021-00477-w. (中科院2区，IF= 3.492，Cited by: 1)

5) Intelligent identification of foodborne pathogenic bacteria by self-transfer deep learning and ensemble prediction based on single-cell Raman spectrum, TALANTA, 2025, 285(2025): 127268(中科院1区，IF= 6.556)

6) AI Prediction of Structural Stability of Nanoproteins Based on Structures and Residue Properties by Mean Pooled Dual Graph Convolutional Network, Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences, 2024, 17(2025): 101-113 (中科院2区，IF= 3.492，Cited by: 1)

7) 16S rRNA gene sequencing and machine learning reveal correlation between drug abuse and human host gut microbiota, Addiction Biology, 2023, 28(10) :e13311. doi: 10.1111/adb.13311.

8)  Raman spectroscopy combined with machine learning for rapid detection of food-borne pathogens at the single-cell level, Talanta, 2021, 226: 0-122195. (中科院1区，IF= 6.556, Cited by: 23)

9)  MD and DSC study of bioactive structural stability of insulin in various imidazolium ionic liquids, Journal of Molecular Liquids, 2019, 277: 971-976. (中科院1区，IF= 6.633，Cited by: 10)

10) Controllable crystallization of urea crystal face (0 0 1) by molecular simulation, Journal of Crystal Growth, Volume 524, 2019, 125139, https://doi.org/10.1016/j.jcrysgro.2019.06.025. (中科院3区，IF= 1.830)

11) dbPepNeo: a manually curated database for human tumor neoantigen peptides, Database, 2020(2020), baaa004, https://doi.org/10.1093/database/baaa004。(中科院1区，IF= 4.462，Cited by: 19)

12) Investigation of lipid metabolism dysregulation and the effects on immune microenvironments in pan-cancer using multiple omics data, BMC Bioinformatics, 2019, 20:0-195. (中科院1区，IF= 3.307，Cited by: 43)

13) Investigating the stabilisation of IFN-α2a by replica exchange molecular dynamics simulation. Journal of Molecular Modeling. 2022 Jul 26;28(8):232. doi: 10.1007/s00894-022-05212-w. PMID: 35882698. (中科院3区，IF= 2.172)

14)  Improved thermostability of creatinase from Alcaligenes Faecalis through non-biased phylogenetic consensus-guided mutagenesis. Microbial Cell Factories. 2020 Oct 17;19(1):194. doi: 10.1186/s12934-020-01451-9. (中科院1区，IF= 6.352，Cited by: 6)

15)  SERS-based lateral flow assay combined with machine learning for highly sensitive quantitative analysis of Escherichia coli O157:H7,Analytical and Bioanalytical Chemistry,2020 Nov;412(28):7881-7890. doi: 10.1007/s00216-020-02921-0. Epub 2020 Sep 12.(中科院2区，IF= 4.478，Cited by: 15)